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二号机和明日香的到来，预示着第三新东京市的NERV总部的力量又增添了一份，歼灭使徒的保证又提高了许多。
不过同时，这个傲娇而又强势的少女却也给小受同学带来了不少麻烦，过上了痛并快乐着的生活。
同时，双面间谍加持良治从国外给碇源渡带来了「人类补完计划」至关重要的“尼布甲尼撒之钥”，预示着「人类补完计划」即将正式进入下一个阶段。然后，这个男人就在总部四处乱逛，粘花拈草，种瓜浇水，一副庄园农民的做派。
零观在乱逛的时候曾经见过他几次，这个男人不愧是搞情报的高手，不着痕迹的打听过他的情报。然而可惜的话，任他怎么查零观都不怕，除了实力做后盾以外，还因为他根本就不是这个世界的人，累死他也找不到零观的情报。
过了几天，第三新东京市的海洋生物保护区对外开放，原本应该邀请小受同学、三无少女、傲娇少女三位EVA驾驶员以及他们两位同学去参观的加持良治却并未作出与原剧情一样的举动，零观感觉奇怪，正好呆在基地里闲着也是闲着，索性就自己邀请五个少年少女去那里转转了。
由于特殊的身份，以及相互直接的接触还算愉快，三个驾驶员都接受了零观的邀请，在言明可以带朋友一起去的情况下，笨蛋三人组的另两位，以及迅速和明日香拉近关系的班长少女，还有葛城美里饲养的温泉企鹅也都一同来了。
第二次冲击爆发之后，地球出现了明显的扭曲现象，最明显的就是天气异常，海洋变成了红色，原本的海洋动植物除了人类及时保护起来的那些，其他的全都灭绝，导致全球氧气不足，土地荒漠化十分严重。
为了维持人类的生活，也为了让这些种群生存繁衍下去，各国政府人工制造氧气，甚至花费了巨大的代价修建了保护陆地动物以及飞禽的巨大动物园和保护海洋生物的巨大水族馆，同时缅怀以前的美好世界。
以人类现在拥有的科技，是能够净化红色海水中的LCL的，不过花销实在太大，各国也就只在自己地盘内修建了巨大的海水净化厂，将红色海水变为蓝色海水，然后用这些海水供给海洋生物生存。
由于天气的异变，空气中有着非常多的辐射和有害物质，人类在日常生活中难免身上会有携带，为此，在进入水族馆之前，所有人都得经过好多道消毒或者监测等处理程序，之后才能见到他们从来没有见到过的水族馆。
零观当然没有必要接受这些程序，直接来到入口处等着他们。
然后，一行人正是进入水族馆。
第三新东京市这里的水族馆是仿照现实里大阪水族馆设定的海洋保护区，规模庞大不说，海水中还生活着各种各样现代人根本已经见不到的海洋生物。它们虽然不像在海洋里生活那样自由，但是能活着未尝不是一件幸福的事。
花花绿绿的鱼群在玻璃那一侧游动着，来回穿梭，更有各种各样说不上名字的生物在好奇的看着这边，一切看起来都是那么的精彩。
如果是一般的学生来到这里，早就和笨蛋三人组中除小受同学以外的两人以及班长少女一样接连发出欢天喜地的大叫声了，只可惜三个EVA驾驶员都算不上一般的学生，绫波丽三无，碇真嗣淡然顺从，明日香傲娇外加傲慢，反应明显不同于正常人，让尽管有心理准备的零观仍是郁闷了一把。
此时此刻，他终于理解了那种卖萌兔子的感受了。
问题儿童果然非常难搞！！！
在几个少年少女观赏另一边的海洋生物的时候，绫波却独自一人走到一边，静静地看着被小器皿培养着的一群小鱼苗，手掌贴在透明的屏壁上。
“绫波——”
小受同学走过来，关切的问道：“你怎么了吗？”
“没什么。”绫波丽收回手掌，红色的眸子落到少年身上，眼神中闪过一丝落寞，“只是觉得......它们和我一样。”
“什么？”小受同学下意识的疑惑道。
绫波丽转头看着身前的玻璃样器皿，以及水中生活着的鱼，轻轻说道：“除了这里，根本没有能够存活下去的地方了。”
“绫波——”
小受同学清楚的感受到了绫波的感情波动，但是一向自闭，只是刚刚有所好转的他现在可说不出合适的话来，无言的看着少女。
“喂喂喂，这种悲伤的话题可不是你们这种小家伙该讨论的。”这时候，恰巧听到这话的零观笑着走了过来。
“！”
绫波丽淡淡的看着零观。
零观淡然笑道：“你以为它们只能生活在这里？错了，它们可以生活在更广阔的地方。鱼都是如此的话，身为人类的你自然也是一样。”
“人类......”绫波丽喃喃自语着。
“更广阔的的地方？”小受同学诧异道，“刚刚工作人员不是说了，地球上的海水已经严重污染，海洋生物根本无法生存在大自然中吗？哪里还有更广阔的地方？你说的是更大的水族馆还是容器？”
“看来你们知道的情报真的很少啊。嗯，看这些被人类圈养的生物的确有些无聊......好吧，作为招待，我到你们去看一些绝不多数人还看不到的美景。一会儿到了地方，可别太多惊讶哦。”
零观神秘的笑了笑，当即把旁边的少年少女都喊了过来。
魔术回路迅速被魔力催动，空间转移魔术打开，零观的右手做出来开窗帘的姿势，一道漆黑的门户立即出现在几人眼前。
“这......这是......！！！”
不仅是身为普通人的正常少年少女，就连三个驾驶员都露出了震惊的表情，用难以置信的目光看着这道黑色的帷幕。
“这只是一些小手段而已，无需惊讶。那么，我们走吧。”
“走？去哪里？你该不会是别有用心吧。”明日香第一个质疑道。
“说了你们也不会相信，还是眼见为实吧。”说着，零观轻轻一挥手笔，黑色的帷幕如同野兽的大口一样张开，一下子将来不及反抗的几人还有一只温泉企鹅吞了下来。然后，猛地一缩，和零观的身影一起消失不见了。
身影再出现时，众人和温泉企鹅的身影已经出现在某处海域上面，也不理会几人的惊讶和抗议，随手在他们身上施加好自动进行从水里汲取、交换氧气的魔术结界，然后带着他们迅速沉入水底。
“喂喂喂，你干什么？要死也别拉上本小姐啊！！！”明日香大声叫喊道。
“我不会游泳的！”
“救命啊！！！”
“嘎嘎——”
除了淡定的绫波丽和碇真嗣以外，其他人和温泉企鹅全都被吓了一跳，下意识的闭上眼睛，大声叫了起来。
“好啦好啦，别叫了，我们已经来到目的地了，睁开眼睛吧。”零观带着他们迅速下潜，停下来之后才笑着说道。
“咦——？？？”
“怎么没有感受到进入水里呢？”
“好奇怪！！！”
惊讶的睁开眼睛，几人顿时看到自己现在已经身处深水之中，但更惊讶的却是自己不仅没有被水挤压，甚至连呼吸都没有出现问题。
太不可思议了！！！
“这是怎么——？”
“奇怪，海水怎么会是蓝色的？”
“快看啊，那是什么？”
“什么？那是——？”
在几人惊讶的目光中，有着五颜六色花纹的鱼群从远处游了过来，看到零观他们这些人的身影，这些鱼群不禁不害怕，还反而好奇的游到他们身边，用自己的身体时不时的去碰触他们的身体。
“这——这是？？？”
男生们惊讶的都快说不出话来了，而女生们则是玩心大起的和鱼群玩了起来，就连三无的绫波丽都忍不住好奇的伸出了手，抚摸着一只胆大的没有躲避她的鱼儿，红色的眸子里闪烁着莫名的光彩。
见状，零观轻轻笑道：“如同你们所见，这就是我一直以来努力的成果。大海已经逐渐恢复到了蓝色，海洋生物的数量也在一点一点的恢复正常。只要人类愿意并且为之努力，再破败的世界都能挽救过来，何况是人类的命运。”
“是这样的吗......”绫波丽和碇真嗣同时一愣，喃喃自语的念叨着，另一边，明日香也露出了思索的表情。
绫波丽将自己比喻成鱼，暗示自己的命运，其实，除了她以外，碇真嗣和明日香何尝不是如此呢？
为此，零观带着他们来这片重新泛起活力的海洋，亲身接触到这些更具活力和生机的海洋生物。在利用这一幕打破他们以往对世界非常有问题的认识以后，又利用暗示魔术对他们进行诱导和疏解，将相对来说正常而普通的世界观的种子种进他们心里。
一下子改变他们意外对自己和世界的认知并不现实，不过只要有了这些种子，它们终究有一天会发芽、成长成参天大树，改变他们消极的想法。和强制进行的「人类补完计划」相比，这种方式无疑更加的人道。
海洋的领域非常大，需要的生物数量自然也非常的多，就算零观和科学工作者利用克隆技术不断的增加生物的数量，相对于整个大海而言都还明显不足。索性零观挑选的这个地方是鱼类数量较多的区域，还是让他们见到了很多活力四射的海洋生物。
在大海中畅玩到午饭时间，零观带着有些罚了的他们返回到水族馆，在这些品尝了一下来自碇真嗣的厨艺。
虽说远远比不上零观这个开了挂的厨师，但是不得不说，碇真嗣的厨艺还是很不错的，食物的味道都很不错。而且更重要的是，他非常细心，准备的非常充分，带来的食物分别都是个人喜欢的菜色。比如，他给绫波丽的便当就是以素食为主的，而给明日香的则是偏重肉食，甚至连温泉企鹅的食物都是精心调配的，细心程度由此可见一斑。
不得不说，小受同学泡妹子的手段的确不俗。
同时，这也再次证明了“要想抓住一个人就要先抓住他（她）的胃”这句话是个非常准确的真理，“三无始祖”绫波丽和“傲娇始祖”明日香都在他悄无声息的攻势下，完全是可以理解的事情了。